Статус «охраняемых» насекомых на территории Карелии имеют 219 видов. Они внесены в список Красной книги Республики Карелия, изданной в 2020 г. Из этой категории насекомых в заповеднике «Кивач» учтено 103 вида. Из них 2 вида входят в перечень насекомых Красной книги Российской Федерации, изданной в 2020 г.
Из 84 «краснокнижных» видов жуков, обитающих в Карелии, в Киваче обнаружено 53 вида (63,1 %). Среди них: жук-носорог, рогач синий, рогачик скромный, древожил осиновый, златка большая сосновая, златка синяя, трухляк колвенсис, огнецветка ярко-красная, дровосек косматогрудый, усач еловый чёрный большой, скрипун осиновый большой, скрипун продырявленный.
Высокий процент обнаружения редких видов жуков на территории заповедника обусловлен сохранением старовозрастных лесов с большим количеством мёртвой древесины и дереворазрушающих грибов, в которых развиваются личинки многих видов жуков.
Из 22 видов бабочек Красной книги Республики Карелия в заповеднике обитают 12 видов (54.5 %). Это — махаон, перламутровки фрея, фригга и титания, пяденицы дымчатая и политрена окрашенная, коконопряд дуболистный, ночной павлиний глаз, лента орденская голубая.
Из 60 видов перепончатокрылых здесь выявлено 15 видов (25,0 %). Наиболее крупные размеры имеют наездник долихомитус император, осы анцистротерус антилопа, симморфусы толстоусый и тёмноногий, шмели моховой, родственный, Шренка.
Из 28 видов двукрылых отмечено 16 видов (57,1 %). Легко узнаваемы гребнеусые долгоножки полосатая и чёрноусая, журчалки сфекомия осовидная, темностомы атласная и осовидная. К краснокнижным видам относятся также муравьиный лев обыкновенный и скорпионница гибридная.
В перечень видов, нуждающихся в особом внимании к их состоянию в природной среде и рекомендованных для биологического надзора (мониторинга) внесено 27 видов насекомых, из них в заповеднике отмечено 15 видов. Среди «потенциально уязвимых видов»: дрепаноптерикс серпокрылый, пестрянка жимолостевая, махаон, пяденица дымчатая, лента орденская голубая, ежемуха большая.
Фотографии и рисунки редких видов можно найти в разделе сайта "Медиа - Красная Книга - Редкие виды насекомых".