В полном соответствии с многообразием жизненных условий и богатством растительного покрова находится обилие видов беспозвоночных животных в заповеднике.
Выявленное в заповеднике количество видов пауков (275 видов) вполне сопоставимо с полным списком для всей Карелии. По разнообразию насекомых в изученных группах (жуки, бабочки, перепончатокрылые и двукрылые) энтомофауна «Кивача» богаче, видимо, энтомофауны любого другого сравнимого по размерам участка южной Карелии, и в некоторых случаях это доказано. Жизнь большинства насекомых связана с деревьями. А из более 1000 видов двукрылых не менее 80% живут за счет грибов. Своеобразными очагами разнообразия насекомых оказываются разбросанные по всей территории вторичные луга — маленькие оазисы цветущих все лето трав. 780 видов жуков указано для территории заповедника, и многие еще не определены. Бабочек известно 1006 видов.
Послеледниковая история формирования фауны позвоночных животных Карелии повторяет историю флоры. Основу составляют широко распространенные по континенту, а также европейские лесные виды. Но с севера сюда все чаще заходит росомаха — типичный житель Арктики. Демонстрирует редкие, но катастрофические вспышки численности северотаежный грызун лесной лемминг. Есть «сибиряки», например три вида землероек и грызун красная полевка. Есть представители южных лесов и лесостепи, живущие у северных пределов распространения: лесная мышовка, мышь-малютка. Кабан, впервые пересекший южную границу Карелии в 1969 г. и уже через пять лет обнаруженный в заповеднике. Однажды даже забрела косуля… Имеем мы и все виды акклиматизированных в Европе пушных зверей. Это американская норка, давно уже вытеснившая отсюда норку европейскую, енотовидная собака, ондатра и канадский бобр. А вот европейский бобр, после долгого отсутствия вновь появившийся в Карелии в 60-х гг. прошлого теперь уже столетия, так пока сюда и не добрался. Из 58 видов млекопитающих (кроме ластоногих и китообразных), обнаруженных в Карелии, 47 зарегистрированы в «Киваче».
К настоящему времени выявлено 222 видов птиц, что без учета морских птиц составляет около 90% орнитофауны Карелии. Крайне редкие обитатели или визитеры — коростель, горлица, козодой, удод и зимородок, иволга и соловей. Окажись они все в пределах видимости и слышимости одновременно, создалось бы полное впечатление, что находишься где-нибудь в лесостепном Поволжье. В числе гнездящихся или изредка встречающихся на пролете «краснокнижных» видов зафиксированы белоклювая гагара, гусь пискулька, малый лебедь, филин, большой подорлик, скопа, беркут, орлан-белохвост, сапсан, серый сорокопут.
Фауна земноводных и пресмыкающихся бедна: слишком коротко лето, чтобы молодежь этих «холоднокровных» животных успевала бы появиться на свет, набрать вес и накопить питательные вещества на время своей первой зимовки. Три вида пресмыкающихся (все живородящие) и пять — земноводных. Лишь на юго-востоке Карелии число чешуйчатых гадов возрастает до пяти, прирастая южными видами. Очень близко к северу от «Кивача» кончаются области распространения безногой ящерицы веретеницы, обыкновенного и гребенчатого тритонов.
Фотографии и рисунки представителей животного мира заповедника можно найти в разделе сайта "Медиа" - "Фауна заповедника".