«Кивач» знаменит своими грибами, но их урожайность не выше, чем в окружающих лесах. Просто здесь грибы изучены лучше, чем где бы то ни было в Карелии. В заповеднике их выявлено свыше 900 видов, главным образом тех, что образуют крупные плодовые тела (макромицеты). Из них порядка 500 видов относятся к напочвенным шляпочным грибам, около 300 видов — к обитающим на деревьях. Микроскопических (видимых только под микроскопом) грибов отмечено пока немногим более 100 видов.
Предназначение грибов — в завершении круговорота веществ и энергии в природе, разложении попадающих в почву мёртвых остатков животных и растений и возвращении углекислого газа воздуху, а минеральных веществ — почве. Грибы принимают участие в процессах почвообразования, улучшают питание растений, ускоряют рост лесных насаждений, повышают их продуктивность, а могут вызвать и их гибель, а также являются ценным продуктом питания для человека.
Грибы — особое царство организмов, очень разнообразных по своему внешнему виду и местам обитания.
В лесу большая часть привычных нашему глазу шляпочных грибов является микоризообразователями или симбиотрофами. Они — главные союзники подавляющего большинства лесных растений (80% видов). Некоторые представители флоры питаются исключительно с помощью грибов, которые, окутывая плотным чехлом их мелкие корни, образуют микоризу (грибокорень). С её помощью растения как бы увеличивают свою корневую систему и потому оказываются более обеспеченными водой и минеральными солями, азотсодержащим соединениям гумуса и фосфором. Гриб в свою очередь забирает у растения часть растворимых углеводов. Питание с помощью грибов древесных пород является основой существования лесов умеренного климата.
Роль разложения мёртвой органики принадлежит грибам-сапротрофам (сапротрофы — дословно «питающиеся чем-то уже отмершим»). Органические вещества, заключённые в лесном опаде и подстилке, разлагаются напочвенными сапротрофами. Разложением древесины занимаются живущие на умирающих и мертвых деревьях трутовые или дереворазрушающие грибы-ксилотрофы с плодовыми телами в виде копыт, розеток и губок.
Некоторые обитающие на деревьях грибы служат биоиндикаторами возраста и состояния лесных экосистем. Из 52 таких видов, обнаруженных в Карелии в старых лесах, в «Киваче» присутствуют 28 видов, что говорит об очень хорошей сохранности заповедных лесов. Часть из них, например, амилоцистис лапландский, дипломитопорус корочковый и феллинус черноограниченный могут рассматриваться как реликтовые виды.
Грибы (в основном шляпочные) — излюбленный продукт питания в России и в Карелии, называемый «лесным мясом и хлебом». И это справедливо. Так, по содержанию белковых веществ и жира грибы богаче картофеля, капусты, свеклы. А в сушеных грибах — белых, осиновиках, березовиках, маслятах — белка вдвое больше, чем в говядине. По содержанию минеральных веществ, особенно калия, фосфора и серы, грибы можно приравнять к фруктам.
Большинство съедобных грибов связано с сосной, елью, берёзой и осиной. Состав деревьев в лесу и свойства почвы — главные показатели условий роста грибов. Наиболее ценные грибные угодья — березняки и осинники разнотравные, затем идут ельники и сосняки черничные, потом сосняки брусничные и в конце списка — сосняки вересковые и лишайниковые. Наиболее продуктивны в грибном отношении молодняки в возрасте от 15 до 30–40 лет.
В появлении грибов существует определенная последовательность. Самые ранние — строчки обыкновенные — начинают расти в конце апреля — начале мая. Периоды роста грибов принято называть «слоями». Первый слой приходится на вторую половину июня, когда в небольшом количестве и в течение короткого времени на хорошо освещенных местах появляются осиновики, берёзовики, белые и маслята. Сигналом служит зацветание рябины. Второй слой появляется в первой или второй декаде июля и длится две – три недели, в нём встречается большинство видов. Его приход определяют по зацветанию иван-чая. Когда начинают желтеть листья берёз, наступает третий слой грибов — самый продолжительный (со второй декады августа по октябрь) и многочисленный по количеству видов и их урожайности.
В Карелии известны 250 видов съедобных грибов, но местное население обычно использует только около 20, обладающих наилучшими пищевыми качествами, отдавая явное предпочтение белым грибам (сосновым, еловым, берёзовым), рыжикам (сосновым и еловым), груздям (настоящим и жёлтым), в меньшей степени — осиновикам (осиновым, берёзовым и сосновым), маслятам, настоящим лисичкам, розовым волнушкам, гладышам, а также берёзовикам, сыроежкам и сморчкам.
К нуждающимся в охране (включенным в Красную книгу Республики Карелия) относят 22 вида сумчатых и базидиальных напочвенных грибов, представляющих в основном эстетическую ценность, а также 39 видов афиллофороидных грибов, существование большей части которых напрямую связано со старовозрастными лесами. Более половины из них обитают и охраняются в заповеднике «Кивач» (34 вида).
Еще три вида заповедных грибов — давно не встречаемый болетопсис черно-белый, недавно обнаруженная саркосома шаровидная и найденный в окружающей заповедник охранной зоне трутовик зонтичный — являются краснокнижными видами России.
На территории «Кивача» есть несколько десятков (60, по данным 2003 г.) макромицетов, которые не встречены в других местах Карелии, причём для пяти видов находки в заповеднике являются единственными местообитаниями на территории Северо-Запада России (это афиллофороидные грибы биссокортициум темно-зелёный, цератомицес цистиатус, фибуломицес серпентрионалис, ирпикодон повислый и карельский «краснокнижный» стереопсис желточно-жёлтый). А находка очень редко встречаемой коллибии рацемоза была первой находкой этого вида в России.