Из них три самых обширных представлены лишь небольшими частями акваторий. Это Сундозеро, южный край которого образует северную границу заповедной территории, а также Пертозеро и Мунозеро на юго-западе, разделённые Мунозёрским кряжем.
Из внутренних озёр наиболее крупным является Пандозеро, его длина 4,4 км при наибольшей ширине 1,8 км; в нём лежат три каменистых острова.
В пределах Мунозёрского кряжа расположены 4 озера разной величины. Среди них Гебозеро со скалистыми берегами имеет наибольшие размеры (2,5 на 0,5 км). Остальные много меньше по площади, они называются Мусталампи, Геболампи и Лаголампи.
В центре заповедника у западного края моренной равнины под склоном озовой гряды лежит Хемолампи. Почти круглое в плане, оно имеет диаметр около 0,5 км и глубину до 3,5 м. В полутора километрах к югу от него, под обрывом во-сточного склона Мунозерского кряжа — Рагуйлампи (1,5 на 0,25 км), протокой соединяющееся с Пертозером.
Наконец, в юго-восточной части по обе стороны границы заповедника, в песчаной дельте древнего потока талых ледниковых вод, лежат Гимойлампи (1 на 0,2 км) и Суналампи (1 на 0,5 км).
Руоколампи, Марьина и Чудесная ламбы — остаточные озёра в заболоченных котловинах, а также безымянное озерцо на мысу, вдающемся в Сундозеро, хотя и малы, но не лишены своеобразия.
Как отметил один известный исследователь, «озёра рождаются в катастрофах». Согласно оценкам, 90% естественных озёр земного шара — результат оледенений в последние 3 млн. лет. По своему происхождению котловины наших озёр относятся к четырем из пяти известных гидрологам типов (пятый связан с деятельностью ледников в горах).
Прежде всего, это структурно-денудационные котловины. Их образование обусловлено избирательным разрушением подверженных выветриванию и собранных в гигантские складки горных пород.
В одних случаях такие котловины характеризуются округлой формой, когда пространства неплотных карбонатных пород (доломиты, мраморы) выпаханы в форме пологих впадин (Сундозеро), в других более или менее вытянуты, когда разрушение шло в условиях складчатых структур фундамента (Пандозеро, Гебозеро, Мусталампи).
Иногда контуры котловин этого типа могут иметь изогнутые очертания с изрезанными берегами (Мунозеро).
Второй тип котловин — трещинные. Они располагаются вдоль разломов и сбросов земной коры с ярко выраженными следами деятельности ледника.
Котловины Рагуйлампи и Лаголампи очень глубоки, а их берега с одной из сторон поднимаются крутым скальным уступом на 20–30 м.
Термокарстовые котловины (провалы на месте глыб мёртвого льда) существуют в местах развития водно-ледниковых отложений. В таких условиях образовались Гимойлампи, Суналампи, Марьина и Чудесная ламба, глубина которой достигает восьми метров.
Наконец, в дне древнего приледникового водоёма, окончательное освобождение территории заповедника от вод которого совершилось около 8 000 лет назад, остались котловины, ныне заполненные озёрами Хемолампи и Руоколампи.