Имеется 14 озер, из них три самых крупных представлены небольшими участками акваторий в приграничных частях заповедника. Среди 11 крупнейших (длиной более 100 км) рек, протекающих по Карелии, Сýна занимает второе место по протяжённости — 280 км, а по площади водосбора пятое (7,7 тыс. км2). Самая крупная река Карелии — Кемь с притоком Чирка-Кемь (385 км).
Суна относится к бассейну Балтийского моря. Начинается она с небольшого озера Кúвиярви на Западно-Карельской возвышенности, течет в юго-восточном направлении и впадает в Кондопожскую губу Онежского озера. Показатель линейной озёрности этой водной системы относительно невелик, всего 13%. Крупнейшие озёра системы — Гúмольское с площадью водного зеркала 80,5 км2 и Сýндозеро, площадью 50,1 км2, а всего их тринадцать. Перепад высот от истока до устья составляет 331 м, уклон русла в среднем 1,2 м на км. В русле реки насчитывается около 50 порогов и водопадов.
На своём пути по заповеднику Суна соединяет три озера — хорошая иллюстрация типичной водной системы края. На участках из Сундозера в Пандозеро и из Пандозера до водопада она довольно быстро течёт по выработанному ледником и засыпанному валунами порожистому, почти прямому руслу шириной 20–30 м, формируя лишь небольшой разлив за 800 м до водопада Кивач. Ниже его река образует три плёса разной длины и шириной 70–150 м, разделённых порогами (Нилóй и Кáжинский пороги), изгибается к востоку по границе заповедника, а через километр вновь поворачивает на юг, где вскоре разливается в мелководное озеро Суналампи. Величина вреза долины реки колеблется от 5 до 10 м. Включая участки акваторий озёр, длина Суны в пределах заповедника и его охранной зоны составляет более 18 км.
В 32 км выше Кивача, в посёлке Гúрвас, она была перегорожена плотиной, и бóльшая часть её сто-ка с 30-х гг. прошлого века стала поступать не к нам на юг, а в систему Пальеозеро — оз. Сандал. Теперь здешнюю часть реки питают в основном воды Нивы, правого притока Суны, и донные родники Сундозера. Среднегодовой расход воды в Суне перед водопадом Кивач со-ставляет 6,2 м3/сек., то есть почти в 10 раз меньше прежнего естественного стока.
Русло второй реки заповедника, Сандалки, маркирующей восточную его границу, очень извилисто, встречаются участки заболоченной поймы. Особенности строения долины реки обусловлены её приуроченностью к той части территории, где развит мощный покров рыхлых отложений ледникового периода, и Сандалка в плане очень похожа на малые равнинные реки юга России. Величина вреза колеблется в пределах 2,5–5 м. Общая её длина 15 км, а в пределах заповедника до впадения в Суну с левого берега — около девяти. В 1929 г. исток Сандалки был перегорожен плотиной начинающегося гидростроительства, и после это-го ширина потока не превышала 10 м. Вселившиеся на нашу территорию в 1980-х гг. бобры вскоре также нагородили плотин, но уже по всей средней части русла Сандалки. Теперь летом в отдельные годы речка представляет собой каскад неподвижных зарастающих прудов.