Сохранились в заповеднике и лесные массивы и болотистые участки, которые имеют свой первозданный вид и не несут в себе следов пребывания человека.
Экологическая тропа «Сопохский бор – железистые ключи» - кольцевой маршрут протяженностью 7 км., является продолжением маршрута «Сопохский бор», но уже в ином виде. Это более сырые понижения, впадины рельефа и глинистые равнины, занятые дремучими ельниками. После сосны наиболее распространена в тайге вечнозеленая ель. В противоположность просторному сосновому бору - леса еловые – тёмные, загадочные. В заповеднике «Кивач» такой лес мало нарушен, о чем свидетельствует большое количество видов, его населяющих, наличие ветровала и валежа, разновозрастность древостоя.
Сменяется дремучий сказочный пейзаж более открытым пространством, по которому протекает лесной ручей. Берега его покрыты зарослями папоротника, а неподалёку можно увидеть редкую гостью для карельского таёжного леса – липу мелколистную.
Особое место на маршруте отводится ключевым болотам. Они являются аккордом экологической тропы и славятся родниками минеральной железистой воды.
Вокруг источников господствуют подушки мхов самых разнообразных тонов и оттенков, над которыми в определенный период возвышаются царственные редкие северные орхидеи. Среди них – калипсо луковичная и венерин башмачок настоящий.
В заповеднике довольно большое число видов орхидных (25), что является показателем ненарушенности территории, спелости её насаждений.