Почвы заповедника разнообразны, и их распределение по территории подчиняется строгим закономерностям.
На наиболее высоких формах рельефа — вершинах сельг — сформировались фрагментарные почвы начальных стадий почвообразования. Склоны сельг сложены плащом сильно завалуненной морены со слаборазвитыми почвами. Крутые склоны заняты примитивным неоподзоленным почвоэлювием и карликовыми малоразвитыми подзолами. На плоских склонах под сосновыми лесами сформировались маломощные языковатые и карманистые подзолы с гумусово-железистым иллювиальным горизонтом, а под лиственными лесами — вторичные дерново-подзолистые почвы.
На ленточных слоистых глинах в условиях избыточного увлажнения формируются торфянисто- и торфяно-подзолисто-глеевые почвы; на плоских и крутых склонах — дерновые поверхностно-глеевые и глееватые неоподзоленные почвы; в замкнутых бессточных понижениях рельефа — торфяно-болотные почвы.
Под пологом сосновых боров на песках сформировались поверхностно-подзолистые почвы. При выровненном залегании под сосняками-черничниками формируются маломощные иллювиально-железистые подзолы, в более влажных условиях — торфянистые иллювиально-гумусовые подзолы, в плоских понижениях и по периферии болот — торфянисто-подзолистые почвы.
Скальная почва
Образование современных скальных почв началось после отступления ледника, примерно 11000 л. н., но за это время сформировалась лишь тонкая прослойка почвы. Первыми на скалах поселяются накипные и листоватые лишайники, следом – низкорослые мхи. Когда поверхность породы выветрится и станет более рыхлой, на ней начинают расти кустистые лишайники, мхи и травянистые кустарнички, и только потом укореняются в глубоких трещинах древесные породы. В основном это сосны.
Песчаная почва
Песчаные почвы образовались в бывших руслах ледниковых рек на мощных песчаных наносах. Пески – бедная почвообразующая порода, состоящая в основном из кварца, поэтому и почвы на них бедные и сухие. Осадки легко проникают в нижние горизонты и вымывают питательные вещества из верхнего слоя. На песчаных отложениях – обширных равнинах и вытянутых озах – господствует сосна, нетребовательная к минеральному богатству почвы.
Суглинистая почва
Суглинок – широко распространенная в природе и ценная почвообразующая порода. В мелкозёме глинистые частицы преобладают над песчаными. В чистом виде суглинки отложились из спокойных послеледниковых потоков, в их дельтах. Хорошо удерживают воду, а находящиеся в них питательные вещества слабо вымываются осадками. Это способствует формированию плодородных почв, наиболее благоприятных для произрастания большинства растений.
Глинистая почва
Глины образовались при выпадении мелкозернистых частиц из вод озера, занимавшего часть территории заповедника 11000-8000 л. н. Имеют слоистую структуру, разнообразны по химическому составу. Из-за слабой водопроницаемости глин на них формируются бедные кислородом, «холодные» почвы, развиваются процессы заболачивания. При благоприятном рельефе, отсутствии застоя воды – образуются плодородные почвы. На участках с глинистыми почвами преобладают ельники.
Торфяная почва
На площади болот образуются торфяные почвы. В условиях избыточного увлажнения, холода и недостатка кислорода за вегетационный период остатки болотных растений не успевают полностью минерализоваться, и часть их ежегодно откладывается в виде торфа. За год слой торфа «нарастает» примерно на 1 мм, таким образом, за тысячу лет образуется метровый слой. Торфообразование на территории заповедника началось более 9000 л. н.
Карта и образцы почвенных профилей выполнены сотрудниками Ленинградского института почвоведения им. Докучаева в 1976 г.